Yayasan Badan Wakaf UII merupakan badan hukum berbentuk yayasan yang didirikan dengan Akta Notaris No. 19 tgl 22 Desember 1951 yang dibuat oleh dan di hadapan R.M. Wiranto, Notaris di Yogyakarta, sebagaimana telah beberapa kali diubah terakhir dengan Akta Nomor 11 tanggal 15 Agustus 2023 dan telah dinyatakan dicatat dalam daftar yayasan berdasarkan surat Kementerian Hukum Dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor AHU-AH.01.06-0041430 Tanggal 31 Agustus 2023.

Yayasan mempunyai maksud dan tujuan di bidang pendidikan, sosial, keagamaan, dan kemanusiaan dengan berasaskan Islam dan berpedoman pada peraturan perundang-undangan yang berlaku.