UII didirikan pada tanggal 27 Rajab 1364 H atau bertepatan dengan 8 Juli 1945 (40 hari sebelum Proklamasi Kemerdekaan Negara Republik Indonesia), dengan nama Sekolah Tinggi Islam (STI) di Jakarta.
SMA UII didirikan oleh Yayasan Badan Wakaf UII (YBW UII) Yogyakarta. Berdiri berdasarkan Surat Keputusan Pengurus YBW UII Nomor 15 Tahun 1994 tertanggal 15 Mei 1994. selanjutnya dikukuhkan oleh Surat Keputusan Kepala Kantor Wilyah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 35/C.C7/Kep/MN/1998,tertanggal 16 Juli 1994 bertepatan tanggal 7 Shafar 1415H.
TK Sultan Agung YBW UII merupakan salah satu lembaga pendidikan anak usia dini yang berdiri sejak tahun 1986 yang terletak di jalan Kaliurang Km 14,5 tepatnya dibelakang kampus UII terpadu, tepatnya di dusun Nglanjaran RT 08/ RW 17 desa Sardonoharjo, Kecamatan Ngaglik, Kabupaten Sleman Yogyakarta.
Pada tahun 2010, Kelompok Bermain Badan Wakaf UII mulai berdiri sendiri. Hal ini dibuktikan dengan dikeluarkannya SK dari Dinas Pendidikan Pemuda dan Olah Raga Kabupaten Sleman No. 130/Kpts/X/2010 tentang Ijin Operasional Lembaga.
