Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia memiliki kegiatan dalam melakukan pengembangan usaha. Kegiatan pengembangan usaha ini terdiri dari unit bisnis yang tersebar di wilayah Yogyakarta dan sekitarnya. Unit bisnis yang dimiliki Yayasan Badan Wakaf UII adalah Rumah Sakit JIH, Rumah Sakit UII, Apotik Unisia, Hotel Unisi, SPBU UII, BPRS Unisia, dan Radio Prima Unisi
Rumah Sakit UII didirikan oleh YBW UII, pengelolaannyadilakukan oleh PT. Unisia Edu Medika (PT.UEM). Berdiri di atas tanah seluas 14.835 m 2,, beroperasi sejak tanggal 11 Februari 2019 dan diresmikan oleh Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta – Sri Sultan Hamengku Buwono X, pada tanggal 24 September 2019.
Apotik Unisia didirikan oleh YBW UII, pengelolaannya dilakukan oleh PT. Unisia Polifarma yang didirikan pada Tahun 2002 bergerak di bidang apotik dan poliklinik. Apotik Unisia berkedudukan di Jl Kaliurang Km 14,4 Umbulmartani, Ngemplak Sleman, tepatnya di sebelah Utara pintu masuk Kampus UII Terpadu.
Hotel Unisi didirikan oleh YBW UII, pengelolaannya dilakukan oleh PT. Unsia Kreasi Sejahtera yang didirikan pada Tahun 2012 dan beroperasi pada tahun 2016. Hotel Unisi berkedudukan di Jl. Ps. Kembang No.42, Sosromenduran, Gedong Tengen, Kota Yogyakarta, Daerah Istimewa Yogyakarta.
SPBU UII (PT. Puri Kencana Rizqi Mulia) didirikan oleh YBW UII pada Tahun 2007, pengelolaannya dilakukan oleh PT. Puri Kencana Rizky Mulia yang berdiri sejak Tahun 2006 bergerak di bidang distribusi Bahan Bakar Minyak dan Gas (BBM).
Bank Perkreditan Rakyat Syariah (BPRS) Unisia didirikan oleh YBW UII, pengelolaanya dilakukan PT. BPR Syariah Unisia Insan Indonesia yang didirikan pada Tahun 2015. BPRS UNISIA berkedudukan di Jl. Cik Di Tiro No.1, Terban, Kec. Gondokusuman, Kota Yogyakarta, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Radio Prima Unisi didirikan oleh Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia (YBW UII), pengelolaanya dilakukan oleh PT. Radio Prima Unisi Yogya yang didirikan pada Tahun 1974.
