Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia juga terlibat dalam berkontribusi terhadap masyarakat sekitar, yang disalurkan melalui kegiatan pemberdayaan masyarakat. Kegiatan pemberdayaan masyarakat ini berupa penyaluran bantuan, penyuluhan, pemberian beasiswa, dll. Lembaga yang berada di naungan Yayasan Badan Wakf UII adalah Lazis Unisia, Radio Dakwah Unisia, Embun Kalimasada, LWU Unisia, Rumah Sehat Baznas, Griya Cendekia.
LAZIS UNISIA merupakan Lembaga Filantropi Islam dibawah Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia yang berdiri sejak tahun 2004. Diinisiasi sebagai visi juang untuk kemaslahatan umat sebagai pilar Islam yang rahmatan lil ālamīn di Daerah Istimewa Yogyakarta. LAZIS UNISIA telah mendapatkan izin dari Dirjen Bimas Islam Kementerian Agama RI Nomor 347 Tahun 2020 sebagai Lembaga Amil Zakat (LAZ) tingkat Provinsi DIY.
YBW UII mendirikan PT.UNISIA MEDIA UMAT sebagai badan hukum yang mengelola media dakwah melalui Radio Dakwah UII. Radio dakwah ini bertujuan untuk memberikan pemahaman keislaman yang Rahmatan Lil’allamim kepada masyarat, wacana pemikiran keagamaan yang dipadukan dengan keilmuan.
Lembaga Kebudayaan Embun Kalimasada ini merupakan realisasi dari rencana yang sudah tertunda sekian lama. Pandji Poestaka edisi 10 Oktober 1943 memberitakan bahwa Balai Kebudayaan Islam ini merupakan tempat “berkoempoel ahli-ahli sastera, ahli peloekis, dan ahli bangoenan Islam Indonesia”.
Lembaga Wakaf Uang UNISIA didirikan oleh Pengurus Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia melalui Surat Keputusan Pendirian Nomor 01/KPTS/II/2020 dan Surat Keputusan Pengangkatan Nazhir Lembaga Wakaf Uang UNISIA Nomor 01/SK-PYBW/Pjb/II/2020.
RUMAH SEHAT BAZNAS merupakan program kerjasama antara Yayasan Badan Wakaf (YBW) UII dengan Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS) dalam kegiatan pelayanan kesehatan secara terpadu kepada seluruh mustahik termasuk pelayanan kesehatan di daerah bencana yang meliputi aspek kuratif, preventif, rehabilitatif, promotif dan advokatif.
Griya Cendekia merupakan Desa Binaan YBW UII yang berada di beberapa tempat yang tersebar di Daerah Istimewa Yogyakarta dan Magelang. Pertama, Griya Cendekia Playen Gunungkidul. Kedua, Griya Cendia Argomulyo Sedayu Bantul. Ketiga, Griya Cendekia Masjid Al-Huda Blekik Sardonoharno dan keempat, Griya Cendekia Kembanglimus Borobudur Magelang.
