YBW UII memiliki 3 (tiga) organ yaitu Pembina, Pengawas, dan Pengurus. Pembina dipimpin oleh seorang Ketua dan seorang Sekretaris serta 30 orang anggota. Pengawas dipimpin oleh seorang Ketua dan 2 (dua) orang anggota. Pengurus dipimpin oleh seorang Ketua Umum, seorang Ketua Bidang Pengembangan Pendidikan, seorang Ketua Bidang Pengembangan Usaha, seorang Ketua Bidang Pemberdayaan Masyarakat, Sekretaris dan Bendahara.
Prof. Drs. Allwar, M.Sc., Ph.D.
Drs. Aden Wijdan Syarif Zaidan, M.Si.
Drs. Arief Bachtiar M.S.A., Ak.
Dr. Siti Anisah, S.H., M.Hum.
Suharto, S.E., M.Si.
Muh. Afrizal Machfudz, S.H.
Nunung Solekhah Fajarwati, S.E.
Nova Hartawan Adji, S.E.
–
–
Empu Hertanto
Muh. Noor Arif Prasetya, S.E.
Sri Purwani, S.E.
–
–
Galih Delles Sinanjung
Ir. Suharyatmo , M.T.
Ir. Faisol AM, M.S.
–
Anggita Ardani Savitri, S.T.
–
Dr. Mahmudi, S.E., M.Si.
Dra. Reni Yendrawati, M.Si.
Dr. dr. Titik Kuntari, M.P.H.
Dr. Wahyudi Budi Pramono, S.T., M.Eng.