YBW UII memiliki 3 (tiga) organ yaitu Pembina, Pengawas, dan Pengurus. Pembina dipimpin oleh seorang Ketua dan seorang Sekretaris serta 30 orang anggota. Pengawas dipimpin oleh seorang Ketua dan 2 (dua) orang anggota. Pengurus dipimpin oleh seorang Ketua Umum, seorang Ketua Bidang Pengembangan Pendidikan, seorang Ketua Bidang Pengembangan Usaha, seorang Ketua Bidang Pemberdayaan Masyarakat, seorang Ketua Pengelola Aset, Infrastruktur, Kawasan, Pemeliharaan, Sekretaris dan Bendahara.