1. SAID WIRATMANA ABDURRACHMAN HASSAN
Panitia Perencana STI Tahun 1945 menetapkan bahwa Ketua Badan Wakaf STI untuk pertama kali adalah Said Wiratmana Abdurrachman Hassan. Said Wiratmana menjabat Ketua Badan Wakaf STI sampai tahun 1948, saat STI diubah menjadi UII dan berkedudukan di Yogyakarta. Ketika STI pindah ke Yogyakarta pada Tahun 1946 tidak ada perubahan kepengurusan pada kelengkapan-kelengkapan STI kecuali pada Senat STI yang mengalami perubahan dalam hal keanggotaan.
Adapun Susunan Pengurus Badan Wakaf STI periode pertama ini adalah sebagai berikut:
| Ketua | Said Wiratmana Abdurrachman Hassan |
| Wakil Ketua merangkap | |
| Bendahara | Sutan Sabarudin |
| Sekretaris | Kartosudarmo |
| Anggota |
|
2. K.H.R. FATCHURRAHMAN KAFRAWI
Pada Tahun 1947 ketika dibentuk Panitia Perbaikan STI, K.H.R. Fatchurrahman Kafrawi terpilih sebagai Ketua Panitia tersebut. Ketika akhirnya Panitia tersebut memutuskan perubahan STI menjadi UII pada tahun 1948, K.H.R. Fatchurrahman Kafrawi ditetapkan menjadi Ketua Dewan Pengurus Badan Wakaf UII.
K.H.R. Fatchurrahman Kafrawi tercatat sebagai tokoh yang lama memimpin Badan Wakaf UII. Beliau menduduki jabatan sebagai Ketua Dewan Pengurus Badan Wakaf UII sampai akhir 1963 dan mengakhiri jabatan setelah Pleno Badan Wakaf menunjuk dua orang mandataris untuk menghindarkan dampak negatif bagi UII dari friksi antara K.H.R. Fatchurrahman Kafrawi dengan Mr. RHA. Kasmat Bahuwinangun.
Berikut adalah Susunan Pengurus Badan Wakaf UII pada periode ini:
| Ketua | K.H.R. Fatchurrahman Kafrawi |
| Wakil Ketua | K.H. Imam Ghozali |
| Bendahara | Prof. Drs. Soenardjo |
| Sekretaris | Kartosudarmo |
| Anggota |
|
3. Dr. SOEKIMAN WIRJOSANDJOJO
Karena kekhawatiran tokoh-tokoh Islam akan akibat negatif yang timbul dari friksi KHR. Fatchurrahman Kafrawi maka pada akhir tahun 1963 Badan Wakaf UII menyelenggarakan Sidang Pleno. Hasilnya ialah penunjukan Dr. Soekiman Wirjosandjojo dan Prof. Dr. Sardjito sebagai mandataris Pleno Badan Wakaf UII.
Badan Wakaf UII pada kepemimpinan periode Dr Soekiman Wirjosandjojo ini, tidak banyak dokumen yang dapat ditemukan. Dalam prakteknya Dr. Soekiman mengetuai Badan Wakaf UII sedangkan Prof. Dr. Sardjito mengurusi soal-soal akademik sebagai Rektor. Namun karena usia yang sudah uzur, maka Prof. Dr. Sardjito sebagai salah seorang mandataris sering bertindak sebagai Ketua Dewan Pengurus Badan Wakaf UII merangkap Rektor. Hal ini dapat dilihat dari kata sambutan Ketua Dewan Pengurus Badan Wakaf UII merangkap Rektor UII di dalam buku “Universitas Islam Indonesia Perguruan Tinggi Swasta Nasional yang tertua mendapat status persamaan”, yang ditandatangani oleh Prof. Dr. Sardjito.
Berakhirnya tugas-tugas Dr. Soekiman sebagai Ketua Dewan Pengurus Badan Wakaf UII didahului oleh sedikit kekeruhan yaitu aksi mahasiswa setelah wafatnya Dr. Sardjito. Aksi itu terjadi karena sepuluh tahun lebih Badan Wakaf tak pernah bersidang berhubung ketuanya sudah sangat uzur. Tuntutan aksi mahasiswa waktu itu antara lain adalah “Reorganisasi Badan Wakaf UII”, “usaha-usaha yang lebih baik terkait pembangunan gedung” dan “pembubaran Presidium untuk kembali kerektoran”.
Terdapat beberapa argumen yang dapat dijadikan landasan untuk membantah anggapan bahwa Badan Wakaf UII secara organisasi benar-benar mengalami stagnasi sepanjang Tahun 1963 sampai dengan Tahun 1972 atau sekitar 10 (sepuluh) tahun, dari segi pengambilan kebijakan terdapat dua kebijakan krusial yang telah diupayakan Badan Wakaf UII:
- Dewan Pengurus Badan Wakaf UII masih dapat mengambil kebijakan yang strategis di kala genting, yakni dengan mengeluarkan Surat Keputusan No. 47/DPP/PK/SG/70 pada tanggal 25 Juli 1970 yang berisi ketetapan tentang bentuk kepemimpinan presidium dalam kerektoran UII. Presidium tersebut terdiri dari tiga orang yaitu: B.P.H. Prabuningrat sebagai Ketua, Prof. Mr. R.H.A. Kasmat Bahuwinangun dan, Brigjen dr. H. Soetarto, masing-masing sebagai anggota. Keputusan ini penting karena Pengurus Badan Wakaf UII dapat mengawal suksesi transisi kepemimpinan UII di satu sisi, Prof. Dr. dr. Sardjoto yang wafat ketika sedang menjabat sebagai Rektor UII dan di sisi lain B.P.H Prabuningrat yang sangat diharapkan untuk memimpin UII pada waktu itu menyatakan belum sanggup menjadi Rektor UII yang definitif, sehingga membutuhkan pendamping.
- Dr. Soekiman Wirjosandjojo mengangkat dan menetapkan Dewan Pengurus Harian. Dewan Pengurus Harian ini merupakan upaya Dr. Soekiman Wirjosandjodjo dalam menangani konflik di UII yang tidak kunjung usai setelah adanya kebijakan Pemerintah Pusat tentang Persyaratan Guna Pembinaan Perguruan Tinggi Swasta dan juga untuk mengakomodir tuntutan Alumni serta Mahasiswa. Aksi Badan Wakaf UII ini merupakan tindakan penyelamatan (rescue action) karena Dewan Pengurus Pleno mengalami kelumpuhan akibat perpecahan intern yang berkepanjangan.
4. H. DJAUHARI MUCHSIN
Pada bulan Mei 1972, Presidium UII membentuk Tim Evaluasi sebagaimana masukan alumni dan mahasiswa. Tim ini diberi tugas mengadakan evaluasi terhadap keadaan UII pada umumnya dan fakultas pada khususnya. Setelah bekerja dalam waktu lebih kurang satu bulan maka pada tanggal 9 Juni 1972 Tim Evaluasi tersebut telah dapat menyampaikan laporannya terkait kondisi Universitas serta fakultas-fakultas di lingkungan UII. Sasaran evaluasi tim tersebut secara garis besar dikelompokkan menjadi beberapa bidang, yaitu: bidang organisasi, bidang akademik, bidang personil, bidang materil, administrasi, pengabdian, dan penelitian.
Untuk meneruskan usaha Tim Evaluasi tersebut, dibentuklah Dewan Pengurus Harian Badan Wakaf UII yang baru dengan susunan sebagai berikut:
| Ketua | H. Djauhari Muchsin |
| Wakil Ketua | Siswo Wiratmo, S.H. |
| Bendahara | R.H. Soendoro |
| Sekretaris | H. Zaini Dahlan |
| Anggota |
|
Susunan Kepengurusan
Dewan Pengurus Harian ini tidak dipilih oleh suatu Rapat Pleno Dewan Pengurus Badan Wakaf UII, tetapi ditetapkan oleh Mandataris Dewan Pengurus Pleno, yaitu Dr. Soekiman Wirjosandjojo, yang pada waktu itu sudah sangat uzur. Tindakan Dr. Soekiman Wirjosandjodjo tersebut merupakan tindakan penyelamatan (rescue action) karena Dewan Pengurus Pleno mengalami kelumpuhan akibat perpecahan intern yang berkepanjangan. Oleh karena itu, tugas utama Dewan Pengurus Harian yang baru ini adalah merekonstruksi dan merestrukturisasi susunan organisasi dan keanggotaan Dewan Pengurus Pleno Badan Wakaf UII dan Pimpinan Universitas, serta merumuskan Peraturan Dasar dan Anggaran Rumah Tangga Badan Wakaf serta Statuta UII.
5. Prof. Ir. SOEGIMAN
Sidang Umum Pleno Badan Wakaf UII yang berlangsung tanggal 23-26 Agustus 1973 di Kaliurang memang berhasil mengadakan reorganisasi Badan Wakaf UII serta mengakhiri kepemimpinan Presidium. Sidang itu berhasil menampilkan Prof. Ir. Soegiman untuk menjadi Ketua Badan Wakaf UII dan menetapkan H. GBPH Prabuningrat sebagai rektor definitif. Dua masa jabatan Prof. Ir. Soegiman terpilih sebagai Ketua Dewan Pengurus, namun pada penghujung masa jabatan yang kedua tepatnya tahun 1979, beliau wafat dan kedudukannya digantikan oleh H. Djauhari Muchsin.
Berikut adalah susunan Pengurus Badan Wakaf UII pada periode ini:
| Ketua | Prof. Ir. Soegiman |
| Wakil Ketua | H. Djauhari Muchsin |
| Bendahara | H. Zaini Dahlan |
| Sekretaris | R.H. Soendoro |
| Anggota |
|
6. H. DJAUHARI MUCHSIN
Djauhari Muchsin tampil sebagai Pj. Ketua Dewan Pengurus Badan Wakaf UII melanjutkan kepemimpinan Prof. Ir. Soegiman yang wafat dalam masa jabatan Tahun 1979. Sebelumnya H. Djauhari Muchsin menduduki jabatan sebagai Wakil Ketua Dewan Pengurus Badan Wakaf UII.
Berikut adalah susunan Pengurus Badan Wakaf UII pada periode ini:
| Ketua | H. Djauhari Muchsin |
| Wakil Ketua | H. Chamim Prawirohartono |
| Bendahara | H. Zaini Dahlan |
| Sekretaris | H. Achid Masduki, S.H. |
| Anggota |
|
7. H. CHAMIM PRAWIROHARTONO
Setelah berakhirnya masa tugas H. Djauhari Muchsin dalam melanjutkan jabatan Prof. Ir. Soegiman maka Sidang Pleno Badan Wakaf UII tahun 1981 memilih Chamim Prawirohartono untuk menjabat dan menjadi Ketua Definitif, sedangkan H. Djauhari Muchsin kembali ke jabatan semula, yakni, Wakil Ketua Dewan Pengurus.
Berikut adalah susunan Pengurus Harian Badan Wakaf UII periode 1981-1984:
| Ketua | H. Chamim Prawirohartono |
| Wakil Ketua | H. Djauhari Muchsin |
| Bendahara | Drs. HM. Djazman |
| Sekretaris | Moch. Fachrur Rozy Alhaj |
| Anggota |
|
8. DALISO RUDIANTO M, S.H., Not
Semula kepemimpinan Chamim Prawirohartono dalam Badan Wakaf UII direncanakan akan berakhir tahun 1985, yakni setelah 4 tahun dalam masa kepengurusan. Tetapi pada akhir tahun 1983 terjadi peristiwa yang memaksa diadakanya Sidang Pleno Istimewa yang kemudian mengakhiri masa kepengurusan Chamim Prawirohartono.
Susunan Pengurus Harian Badan Wakaf UII periode 1984-1989 adalah sebagai berikut:
| Ketua | H. Daliso Rudianto Mangunkusumo, S.H., Not. |
| Wakil Ketua | Moch. Facrurrozi, Alhaj |
| Bendahara | Ny. Hj. Lamya Moeljatno, S.H. |
| Sekretaris |
|
| Anggota |
|
Karena keberangkatan Ny. Hj. Lamya Moeljatno, SH ke Belanda, maka yang menjalan tugas sebagai Bendahara adalah Prof. Drs. H. Lafran Pane/Ir. RHA. Sahirul Alim, MSc.
9. MOCH. FACHRUR ROZY ALHAJ
Dengan berakhirnya masa kepengurusan Periode 1984-1989, maka dilakukan Sidang Pleno Badan Wakaf UII untuk pergantian kepemimpinan Badan Wakaf UII. Sidang yang diselenggarakan pada tanggal 11-12 Maret 1993 itu menetapkan Pengurus Harian Badan Wakaf UII dengan susunan sebagai berikut:
Susunan Pengurus Harian Badan Wakaf UII periode 1984-1989 adalah sebagai berikut:
| Ketua | Moch. Fachrurrozi AlHaj |
| Wakil Ketua | Prof. H. Zaini Dahlan, M.A. |
| Bendahara | H. Achid Masduki, S.H. |
| Sekretaris | H. Syafe’ie Buchori, S.H. |
| Anggota |
|
Pada periode ini dibentuk Badan Pemeriksa Administrasi Keuangan dan Umum Universitas Islam Indonesia (BPAKU-UII). Badan ini didirikan pada Tahun 1990 sebagai pengembangan dan peningkatan dari Tim Pemeriksa Keuangan di lingkungan UII yang dibentuk Pengurus Harian. Personalia BPAKU-UII adalah sebagai berikut:
| Ketua | Drs. Syafaruddin Alwi, M.S. |
| Anggota |
|
10. Prof. ZAINI DAHLAN, MA
Setelah berakhirnya kepengurusan Badan Wakaf UII Periode 1989-1993, sebagaimana biasanya diadakan Sidang Pleno Badan Wakaf UII, yaitu pada tanggal 22-24 Januari 1993 dan berhasil menetapkan kepengurusan Badan Wakaf UII Periode 1993-1997 dengan susunan sebagai berikut:
H.M. Syafi’i Buchori, S.H., CN.
| Ketua | Prof. H. Zaini Dahlan, M.A. |
| Wakil Ketua | Prof. Drs. H.A. Chotib |
| Bendahara | Drs. H. Marzuki |
| Sekretaris | H.M. Syafi’i Buchori, S.H., CN. |
| Anggota |
|
11. Prof. Drs. H.A. Chotib
Pada Tahun 1994, Ketua Pengurus Harian Badan Wakaf UII Prof. H. Zaini Dahlan, MA mundur dari jabatannya karena diangkat menjadi Rektor UII, dan Prof Drs. H.A. Chotib yang menjabat sebagai Wakil Ketua ditetapkan sebagai Ketua Badan Wakaf UII sampai akhir periode Tahun 1997.
Pada Tahun 1997, Prof Drs. H. A. Chotib dikukuhkan kembali sebagai Ketua YBW UII. Susunan Pengurus Harian Badan Wakaf UII pada Periode 1997-2001 ditetapkan melalui Surat Ketetapan Dewan Pengurus YBW UII No. IX/TAP/DP/1997 pada 30 November 1997 sebagai berikut:
| Ketua | Prof. Drs. H.A. Chotib. |
| Wakil Ketua | Drs. H.M. Djazman Alkindi |
| Bendahara | Drs. H. Marzuki |
| Sekretaris | H.E. Zainal Abidin, S.H., M.S., MPA. |
| Wakil Sekretaris | H.M. Syafi’ie Buchori, S.H., CN |
| Anggota |
|
Berdasarkan Ketetapan Dewan Pengurus Badan Wakaf UII Nomor VII/TAP/DP/1998 Tanggal 21 Maret 1998 Komposisi dan Personalia Pengurus Harian Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia Periode 1997-2001 mengalami perubahan sebagai berikut:
| Ketua | Prof. Drs. H.A. Chotib. |
| Wakil Ketua | Drs. H.M. Djazman Alkindi |
| Bendahara | Drs. H. Marzuki |
| Sekretaris | H. Marzuki Mahdi, S.H. |
| Wakil Sekretaris | H.M. Syafi’ie Buchori, S.H., CN |
| Anggota |
|
12. Drs. HM. DJAZMAN ALKINDI
Pada 15 Desember 1998, Ketua Pengurus Harian Badan Wakaf UII periode 1997-2001 yakni Prof. Drs. H.A. Chotib wafat, kedudukannya digantikan oleh Drs. HM. Djazman Alkindi. Drs. H. Mohamad Djazman Alkindi adalah seorang cendekiawan muslim, aktivis Muhammadiyah, dan Rektor pertama Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS).
13. Ir. RHA SYAHIRUL ALIM, MSc
Dalam perjalanan kepengurusan Badan Wakaf UII Drs. HM. Djazman Alkindi wafat pada tanggal 15 Desember 2000, kemudian kedudukannya digantikan oleh Ir. RHA Syahirul Alim, M.Sc sampai akhir periode tahun 2001. Sesuai dengan Ketetapan Dewan Pengurus Badan Wakaf UII Nomor VIII/TAP/DP/2001 Tanggal 14 Oktober 2001.
Berikut susunan pengurus Harian Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia:
| Ketua | Ir. RHA. Syahirul Alim |
| Bendahara | Drs. H. Marzuki, M.M. |
| Sekretaris | H. Marzuki Mahdi, S.H. |
| Wakil Sekretaris | H.M. Syafi’ie Buchori, S.H., CN. |
| Anggota |
|
14. Ir. Drs. Syafaruddin Alwi, M.S
Setelah berakhirnya masa kepengurusan Pengurus Harian Badan Wakaf UII periode 1997-2001, ditetapkan susunan Pengurus Badan Wakaf UII periode 2001-2005 sebagai berikut:
| Ketua | Drs. H. Syafaruddin Alwi, MS. |
| Sekretaris | H.E. Zainal Abidin, SH., MS., MPA. |
| Bendahara | Drs. H. Djoko Utomo, M.M. |
| Ketua Bidang Fisik | Ir. H. Susastrawan, M.S. |
| Ketua Bidang Organisasi & SDM | H.M. Syafi’i Buchori, SH., CN. |
| Ketua Bidang Pengembangan Akademik & Dakwah | H. Djauhari Muhsin |
| Ketua Bidang Usaha dan Kerjasama | Drs. H. Sunardji Daromi, M.M. |
Selanjutnya, Periode 2005-2008 tetap dipimpin oleh Drs. H. Syafaruddin Alwi, M.S., dengan susunan sebagai berikut:
| Ketua | Drs. H. Syafaruddin Alwi, MS. |
| Sekretaris | H.E. Zainal Abidin, S.H., M.S., MPA. |
| Bendahara | Drs. H. Djoko Utomo, M.M. |
| Ketua Bidang Usaha dan Kerjasama | Drs. H. Sunardji Daromi, M.M. |
| Ketua Bidang Fisik | Ir. H. Susastrawan, M.S. |
| Ketua Bidang Pengembangan Akademik & Dakwah | Dr. Ir. H. Harsoyo, M.Sc. |
| Ketua Bidang Organisasi & SDM | H.M. Syafi’i Buchori, SH., CN. |
15. Dr. Ir. Luthfi Hasan, M.S
Setelah berakhirnya masa kepengurusan Pengurus Harian Badan Wakaf UII Periode 2005-2008, maka dilakukan Rapat Pembina Yayasan Badan Wakaf UII yang kemudian menetapkan susunan Pengurus Harian Yayasan Badan Wakaf UII Periode 2008-2013 sebagai berikut:
| Ketua | Dr. Ir. Luthfi Hasan, M.S |
| Ketua Pengemb. Pendidikan | Prof. Jawahir Thontowi, S.H. Ph.D. |
| Ketua Pengemb. Usaha | Drs. Suwarsono Muhammad, M.A. |
| Ketua Pemberdayaan Masyarakat | Ir. H. Susastrawan, M.S. |
| Bendahara | H.M. Syafi’i Buchori, SH., CN. |
| Sekretaris | H. Djauhari Muhsin |
| Ketua Bidang Usaha dan Kerjasama | Drs. H. Sunardji Daromi, M.M. |
Pada kepengurusan Periode 2008-2013 terdapat dua Pengurus yang mengundurkan diri dari jabatannya yaitu:
- Prof. Jawahir Thontowi, S.H., Ph.D. mengundurkan diri pada tahun 2010 karena mencalonkan diri sebagai Bakal Calon Rektor UII Periode 2010-2014 dan digantikan oleh Dr. Mustaqiem, S.H., M.Si.
- Drs. Suwarsono Muhammad, M.A. mengundurkan diri pada tahun 2013 karena terpilih menjadi Dewan Penasehat KPK RI dan digantikan oleh Dra. Siti Nurul Ngaini, M.M sebagai Plt. Ketua Pengembangan Usaha.
Selanjutnya Dr. Ir. Luthfi Hasan, M.S. terpilih kembali sebagai Ketua Umum Pengurus Yayasan Badan Wakaf UII pada Periode kedua yaitu Periode 2013-2018 dengan susunan Pengurus sebagai berikut:
| Ketua | Dr. Ir. Luthfi Hasan, M.S |
| Ketua Pengemb. Pendidikan | Dr. Mustaqiem, S.H., M.Si. |
| Ketua Pengemb. Usaha | Drs. Muqodim, Ak., MBA. |
| Ketua Pemberdayaan Masyarakat | Drs. Subowo, M.M. |
| Bendahara | Dra. Siti Nurul Ngaini, M.M. |
| Sekretaris | Endro Kumoro, S.H., M.Hum. |
16. Drs. Suwarsono Muhammad, M.A
Setelah berakhirnya masa kepengurusan Pengurus Yayasan Badan Wakaf UII Periode 2013-2018, maka dilakukan Rapat Pembina yang kemudian menetapkan susunan Pengurus Yayasan Badan Wakaf UII periode 2018-2023 sebagai berikut:
| Ketua | Drs. Suwarsono Muhammad, M.A. |
| Ketua Pengemb. Pendidikan | Dr. Siti Anisah, S.H., M.Hum. |
| Ketua Pengemb. Usaha | Drs. Muqodim, Ak., MBA. |
| Ketua Pemberdayaan Masyarakat | Drs. Sularno, M.A. |
| Bendahara | Suharto, S.E., M.Si. |
| Sekretaris | Dr. M. Syamsudin, S.H., M.H. |
Pada kepengurusan Periode 2018-2023, Dr. M. Syamsudin, S.H., M.H. mengundurkan diri pada Tahun 2022 karena terpilih menjadi Ketua Program Studi Ilmu Hukum Program Doktor FH UII dan digantikan oleh Dr. Siti Anisah, S.H., M.Hum sebagai Plt. Sekretaris PYBW UII.
17. Dr. Suparman Marzuki, S.H., M.Si
Setelah berakhirnya masa kepengurusan Pengurus Yayasan Badan Wakaf UII Periode 2018-2023, maka dilakukan Rapat Pembina yang kemudian menetapkan susunan Pengurus Yayasan Badan Wakaf UII periode 2023-2028 sebagai berikut:
| Ketua | Dr. Suparman Marzuki, S.H., M.Si |
| Ketua Pengemb. Pendidikan | Prof. Allwar, M.Si., Ph.D. |
| Ketua Pengemb. Usaha | Drs. Arief Bachtiar, MSA., Ak. |
| Ketua Pemberdayaan Masyarakat | Drs. Aden Wijdan Syarief Zaidan, M.Si. |
| Bendahara | Suharto, S.E., M.Si. |
| Sekretaris | Dr. Siti Anisah, S.H., M.Hum. |
Pada perjalanan kepengurusan periode ini terdapat perubahan Struktur Organisasi PYBW UII pada bulan Januari 2025 sehingga merubah komposisi Pengurus sebagai berikut:
| Ketua | Dr. Suparman Marzuki, S.H., M.Si |
| Ketua Pengemb. Pendidikan | Prof. Allwar, M.Si., Ph.D. |
| Ketua Pengemb. Usaha | Drs. Zulian Yamit, M.Si. |
| Ketua Pemberdayaan Masyarakat | Drs. Aden Wijdan Syarief Zaidan, M.Si. |
| Ketua Pengelola Aset, Infrastruktur, Kawasan, dan Pemeliharaan (PAIK) | Suharto, S.E., M.Si. |
| Bendahara | Drs. Arief Bachtiar, MSA., Ak. |
| Sekretaris | Dr. Siti Anisah, S.H., M.Hum. |

















