Lembaga Audit Yayasan Badan Wakaf UII (LAYBW) pertama kali didirikan pada tahun 1990 dengan nama Badan Pemeriksa Administrasi Keuangan dan Umum Universitas Islam Indonesia (BPAKU UII) sebagaimana tercantum dalam Buku Setengah Abad UII. Pada awal pendirian BPAKU UII, lembaga ini memperoleh pelatihan dari tenaga ahli BPK RI dan Departemen Keuangan RI. Pelatihan ini diberikan dalam rangka penyusunan Pedoman Pemeriksaan dan Pengawasan. BPAKU UII bertanggung jawab langsung atau menyampaikan laporan pertanggungjawaban kepada Dewan Pengurus YBW UII (saat ini Pembina YBW UII). Dalam perkembangannya BPAKU UII berubah nomenklaturnya menjadi Lembaga Pengawasan Badan Wakaf UII berdasarkan Ketetapan Dewan Pengurus Badan Wakaf UII Nomor VII/TAP/DP/1994 yang kemudian diatur dalam Peraturan Pengurus Harian Badan Wakaf UII Nomor 14 Tahun 1994 tentang Lembaga Pengawasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia.

Pada 2004, Lembaga Pengawasan mengalami perubahan nomenklatur menjadi Lembaga Pengawasan dan Pengendalian Badan Wakaf UII berdasarkan Ketetapan Dewan Pengurus Badan Wakaf UII Nomor I/TAP/DP/2004 tentang Rekomendasi Rencana Perubahan dan Penyempurnaan Struktur Organisasi di Lingkungan PHBW dan UII yang kemudian diatur dalam Peraturan Pengurus Harian Badan Wakaf UII Nomor 03 Tahun 2004 tentang Lembaga Pengawasan dan Pengendalian Badan Wakaf UII.

Lembaga ini mengalami perubahan nomenklatur kembali, yaitu Lembaga Audit Yayasan Badan Wakaf UII berdasarkan Ketetapan Dewan Pengurus Nomor III/TAP/DP/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pengurus Yayasan Badan Wakaf UII dan diatur dalam Peraturan Pengurus Yayasan Badan Wakaf UII Nomor 09 Tahun 2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Audit YBW UII dan bertanggung jawab langsung kepada Ketua Umum Pengurus Yayasan Badan Wakaf UII. Lembaga Audit (yang selanjutnya disebut LA) merupakan auditor internal yang profesional dan independen di dalam struktur organisasi YBW UII yang dibentuk sebagai salah satu sarana utama dan syarat untuk dapat memastikan bahwa maksud dan tujuan YBW UII telah dilaksanakan sesuai dengan asas, anggaran dasar, dan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Tujuan Lembaga Audit YBW UII, antara lain:

1. Memperkuat Sistem Pengendalian Internal dan Tata Kelola Keuangan di lingkungan Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia.
2. Membantu Pengurus Yayasan Badan Wakaf dalam memperbaiki pengelolaan sumber daya dan pengembangan organisasi melalui penyediakan laporan hasil audit dan reviu sebagai dasar pertimbangan manajemen dalam pengambilan keputusan.

Visi , Misi & Tujuan 

• Visi LA YBW UII menjadi lembaga audit internal yang profesional, independen, obyektif, dan terpercaya untuk mendukung penguatan tata kelola organisasi Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia.

• Misi LA YBW UII

Antara lain:

• 1.  Memperkuat tata kelola organisasi Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia agar berjalan efektif dan efisien.
  2.  Menyediakan informasi, analisis, dan memberikan penilaian beserta rekomendasi audit kepada Pengurus Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia dalam upaya memperbaiki pengelolaan sumber daya dan manajemen risiko.
  3.  Memberikan konsultasi dan pembinaan kepada satuan kerja di lingkungan YBW Universitas Islam Indonesia dalam rangka memperkuat Sistem Pengendalian Internal dan memperbaiki tata kelola organisasi.

• Kegiatan Audit

Kegiatan audit LA YBW UII secara garis besar dikelompokan ke dalam 4 jenis, yaitu:

• 1.  Audit keuangan dan kinerja pada satuan kerja yang berada di bawah yayasan, universitas, dan fakultas. Audit keuangan dilakukan terhadap laporan keuangan tahunan dan audit kinerja dilakukan dengan cara memeriksa keterlaksanaan RKAT (Rencana Kerja dan Anggaran Tahunan).
  2.  Audit keuangan dan kinerja terhadap unit bisnis yang ada di bawah YBW UII maupun Rektorat yang belum di audit oleh auditor eksternal (Kantor Akuntan Publik).
  3. Audit kinerja terhadap unit bisnis yang telah diaudit oleh auditor eksternal (Kantor Akuntan Publik).
  4. Audit khusus yang dilakukan untuk kepentingan tertentu dengan ruang lingkup tertentu, seperti audit investigasi, audit proyek, maupun audit lain sesuai dengan permintaan dari Pengurus YBW UII.